小麥全外顯子捕獲
myBaits Expert Wheat Exome 與國際小麥基因組測序聯(lián)盟(IWGSC)合作開發(fā)，使用了IWGSC發(fā)布的中國春基因組和注釋信息。靶向六倍體小麥中完整的高置信度且有基因注釋的外顯子區(qū)域,能夠全面、統(tǒng)一、可靠地深入覆蓋大干15 Gb的小麥基因組中超過250 Mb的CDS及其鄰近區(qū)域。該panel包含兩百多萬條探針，運用優(yōu)化算法設計，并經(jīng)過實驗進一步優(yōu)化，兼容市面上已知的文庫制備方法及測序平臺。與全基因組測序相比，該panel大大降低了外顯子組研究的測序和分析成本。
myBaits Expert Wheat Exome 試劑盒已在數(shù)十種小麥品種上進行了實驗驗證,并證明了其在六倍體和四倍體品種中全面且具有SNP(單核苷酸多態(tài)性)和InDel(插入缺失標記)。
產(chǎn)品特點
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覆蓋區(qū)域全面 - 針對 250 Mb 基因組區(qū)間,包含所有的高置信度外顯子基因注釋區(qū)
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兼容性好 - 兼容各種 NGS文庫,兼容短讀長和長讀長測序
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操作簡單 - 流程簡單易上手
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合作機構 - 與國際小麥基因組測序聯(lián)盟(IWGSC)合作開發(fā)
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通用性高 - 與六倍體和四倍體小麥兼容
產(chǎn)品應用
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外顯子測序
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品種改良
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基因分型
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變體發(fā)現(xiàn)
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關聯(lián)遺傳學
產(chǎn)品列表
| 產(chǎn)品貨號 | 產(chǎn)品名稱 | 產(chǎn)品規(guī)格 |
| 309108.v5 | myBaits Expert Wheat Exome v1 Kit 8 Rxn | 8 Rxn |
| 309148.v5 | myBaits Expert Wheat Exome v1 Kit 48 Rxn | 48 Rxn |
| 309196.v5 | myBaits Expert Wheat Exome v1 Kit 96 Rxn | 96 Rxn |
實驗數(shù)據(jù)
圖1. Curio Genomics 的不同品種覆蓋度研究
圖中為3個不同小麥品種的“γ麥醇溶蛋白1基因”的捕獲測序結(jié)果，小麥全外顯子捕獲試劑盒在各個小麥品種中，表現(xiàn)出良好的重復性和穩(wěn)定的覆蓋度，并能檢測出不同品種間*的覆蓋度和多態(tài)性。
圖2. 其他小麥品種外顯子捕獲效率的預測與驗證
小麥外顯子捕獲試劑盒根據(jù)六倍體中國春 IWGSCv1 的參考基因組設計，可以作為通用的谷類植物外顯子和基因分型試劑盒。通過生信模擬可能的雜交位點與現(xiàn)有的基因注釋進行建模，可以預測該探針集與其他谷類植物外顯子的兼容情況。如圖，展示了“生信預測的”vs“實驗得到的”六倍體(T.aestivum)和四倍體(T.durum)小麥外顯子捕獲效率。
圖3. 8個品種樣品單次反應捕獲的目標覆蓋率(左，綠色)和 on-target率(右，藍色)
每個樣本只需約18 Gb的測序數(shù)據(jù)。實驗數(shù)據(jù)顯示，該試劑盒表現(xiàn)穩(wěn)定，在 >200 Mb 的目標區(qū)域中，*序列的平均覆蓋率為 34x，在 IWGSC v1.1 高置信度外顯子注釋區(qū)有高達95%以上的重疊。
表1. 小麥外顯子捕獲試劑盒的設計概要和reads精蓋度指標
表1為小麥全外顯子捕獲試劑盒的3種設計方案，并通過實驗比較其高置信外顯子覆蓋度。Exact:探針設計在每個外顯子序列的起始和終止位點之間。+100bp padding:探針設計橫跨外顯子序列，以及每個外顯子上游和下游的100 bp區(qū)域。+200bp padding:探針設計橫跨外顯子序列，以及每個外顯子上游和下游的200 bp區(qū)域。經(jīng)過比較，此試劑盒使用了設計方案3，覆蓋了97%的高置信外顯子。
圖4. 不同變異品種的捕獲覆蓋率
小麥全外顯子試劑盒同時覆蓋外顯子及其附近的部分非外顯子區(qū)域，使其成為一種六倍體和四倍體基因分型的有效工具。即使高度分化的野生二粒小麥(Zavitan)，在SNV密度增強的區(qū)域也容易獲得較高的覆蓋深度。
圖5. Curio Genomics 平臺提供小麥外顯子富集探針集數(shù)據(jù)的實時編輯和分析
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