1、確定抗體的用途
新開展一個研究項目，弄清楚所感興趣的蛋白的一些基本特性是很有必要的，特別是如果知道蛋白的結(jié)構(gòu)會對選擇抗體易于接觸和識別的識別區(qū)域有很大的幫助。然而，在沒有這樣的結(jié)構(gòu)信息（多數(shù)是這種情況）的情況下，了解研究的用途會影響多肽設(shè)計的策略。例如：如果研究重點是集中在蛋白的不同區(qū)域，如C端或N端，或在一種特定狀態(tài)下的蛋白，如磷酸化等，那么按照所需序列設(shè)計的多肽和產(chǎn)生的相應(yīng)的抗體在應(yīng)用上應(yīng)該沒有太大的困難，然而，蛋白的構(gòu)象將影響抗體與其識別區(qū)域之間的相互作用。這種情況下可能存在的問題是如果在折疊的蛋白中，該識別區(qū)域被藏在蛋白的內(nèi)部，抗體將無法接觸到該區(qū)域。（無法產(chǎn)生相互作用）。
2、識別區(qū)域的選擇原則
一般說來理想的抗原性識別區(qū)域應(yīng)具備親水、位于蛋白表面和結(jié)構(gòu)上易變形性等特點。因為在大多數(shù)的天然環(huán)境中，親水區(qū)域傾向于集中在蛋白表面，而疏水區(qū)域常常被包裹在蛋白內(nèi)部，同樣道理，抗體只能與在蛋白表面發(fā)現(xiàn)的識別區(qū)域相互作用，而當(dāng)這些識別區(qū)域有足夠的結(jié)構(gòu)易變形性而轉(zhuǎn)移到抗體可接觸的位置時，將會與抗體間有很高的親和性。
3、連續(xù)的與不連續(xù)的識別區(qū)域
連續(xù)的區(qū)域是指由連續(xù)的氨基酸序列構(gòu)成的識別區(qū)域。大多數(shù)抗體是針對連續(xù)識別區(qū)域的，抗體能與這類區(qū)域以很高的親和力相結(jié)合表明這段序列不在蛋白內(nèi)部。不連續(xù)的識別區(qū)域是代表有一定折疊的一段多肽序列，或是將兩段分離開的多肽連在一起的抗體的識別區(qū)域。在某些情況下，針對這樣不連續(xù)識別區(qū)域的抗體也能產(chǎn)生，只是用來免疫的抗原多肽必須具備與該不連續(xù)識別區(qū)域相似的二級結(jié)構(gòu)，而序列的長度需要符合相關(guān)的要求。
4、基本建議
為了避免識別區(qū)域隱藏在蛋白內(nèi)部的風(fēng)險，我們通常建議選擇蛋白的N，C兩端來產(chǎn)生的相應(yīng)的抗體。因為在完整的蛋白中，N，C兩端通常是暴露在蛋白表面的。然而，一定要注意膜蛋白的C端疏水性太強，不適合作為抗原。
5、序列的長度
通常我們建議抗原多肽的序列長度在8-20個氨基酸殘基之間，如果太短，就有多肽太特殊、所產(chǎn)生的抗體與天然蛋白之間的親和力（結(jié)合能力）不夠強的風(fēng)險，同樣，如果序列長度超過20，將有可能引入二級結(jié)構(gòu)，所產(chǎn)生的抗體失去特異性的可能，而且肽鏈越長，通常合成難度增大，不易獲得高純度的產(chǎn)品。
6、載體蛋白交聯(lián)的選擇
基本原則：將載體蛋白加在遠離抗體識別區(qū)域的一端，在序列中沒有Cys的情況下在N或C端加上Cys為交聯(lián)的方法。
7、常用分析軟件
MacVecfor TM ;DAN star TM;PC-Gene TM