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解開基因組DNA分子的簡單方法

時間:2015-3-3閱讀:182
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    線性DNA分子的沉積,是許多單分子基因組學(xué)方法的重要步驟,包括DNA圖譜、纖維-FISH和幾種新興的測序技術(shù)。在理想的情況下,這些實(shí)驗(yàn)中存放的DNA是*線性和均勻拉伸的,從而使我們能夠準(zhǔn)確地測量距離。然而,在很少的情況下,當(dāng)前用于在一個表面捕獲和線性化DNA的方法,往往需要復(fù)雜的表面制備和大量起始原料,以完成基因組規(guī)模的作圖。這對技術(shù)要求很苛刻,阻礙了它們在新興基因組學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用,例如單細(xì)胞分析。

    研究人員一直都試圖尋求一種有效的方法,來解開DNA以研究其結(jié)構(gòu)——在顯微鏡下巧妙地解開和理順。有兩種方法來解碼DNADNA測序和DNA圖譜。在DNA測序過程中,我們研究DNA短鏈來確定一個DNA分子內(nèi)核苷酸的確切順序——堿基A,CGT。該方法可讓我們進(jìn)行非常詳細(xì)的遺傳分析,但很花費(fèi)時間和資源對于不需要詳細(xì)分析的應(yīng)用來說,例如確定一段給定的DNA*段是否屬于一種病毒或細(xì)菌,科學(xué)家會選擇DNA圖譜。該方法使用盡可能長的DNA*段來測定DNA的“大畫面"結(jié)構(gòu)。

    在這項(xiàng)研究中,研究人員描述了他們以前開發(fā)的一種作圖技術(shù)的改進(jìn)版本,稱為fluorocoding,研究人員解釋說:“使用fluorocoding時,我們用彩色染料標(biāo)記DNA,使其在熒光顯微鏡下是可見的。然后將其插入放在玻璃板上的一滴水和少量酸中。注入DNA的水液滴蒸發(fā),留下伸展的DNA模式。"繼續(xù)說:“但這種沉積技術(shù)是復(fù)雜的,并不總是產(chǎn)生對DNA圖譜很理想的長的、拉直的DNA。"他們組織了一個化學(xué)家和工程師的多學(xué)科小組,專門研究液體如何表現(xiàn),以探討如何優(yōu)這種化技術(shù)。

    研究人員解釋說:“我們這種改進(jìn)的技術(shù)結(jié)合了兩種因素:一滴水的自然內(nèi)流動態(tài)和一種稱為Zeonex的聚合物,可與DNA結(jié)合的特別好。"

    為了測試該技術(shù)的有效性,研究人員將其應(yīng)用于確切長度已知的病毒DNA。使用滾動液滴技術(shù)捕獲的DNA,長度與已知的病毒DNA長度相匹配。滾動液滴技術(shù)可以很容易地應(yīng)用于臨床設(shè)置,快速識別DNA的特點(diǎn),研究人員說:"我們的技術(shù)只需要很少的起始材料,可以快速地進(jìn)行。例如,它可以非常有效地確定,患者是否感染了一種特定類型的病毒。在這項(xiàng)研究中,我們集中在病毒的DNA,但該技術(shù)也可以很容易地用于人類和細(xì)菌DNA。"

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