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ATCC細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)作為強(qiáng)大的方法應(yīng)用于分析發(fā)育和重編程過(guò)程的細(xì)胞異質(zhì)性。分析細(xì)胞間異質(zhì)性的關(guān)鍵目標(biāo)就是尋找未知的細(xì)胞狀態(tài)或重構(gòu)細(xì)胞譜系的發(fā)育軌跡。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中可能會(huì)包含一些生物或非生物的干擾因子(如細(xì)胞周期),現(xiàn)有的計(jì)算生物學(xué)分析方法往往需要先根據(jù)分析人員的判斷去除這些因子。
在很多情況下,細(xì)胞周期調(diào)控對(duì)發(fā)育和細(xì)胞分化起重要作用,比如G1和M期的長(zhǎng)短調(diào)控神經(jīng)細(xì)胞命運(yùn)決定。研究表明,在小鼠胚胎發(fā)育中,神經(jīng)發(fā)育是分步調(diào)控的過(guò)程。近年的研究闡明較多參與神經(jīng)命運(yùn)決定的分子和信號(hào)通路,然而,是否有其他因子以及這些因子如何相互作用調(diào)控神經(jīng)命運(yùn)決定尚未確定。
曾有研究表明,通過(guò)體外培養(yǎng)小鼠胚胎干細(xì)胞,神經(jīng)細(xì)胞可以分步被誘導(dǎo)產(chǎn)生,并很好的模擬體內(nèi)神經(jīng)分化的過(guò)程。在該研究中,科研人員通過(guò)開(kāi)發(fā)一種計(jì)算工具包(iCpSc)用于整合單細(xì)胞和群體細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),來(lái)預(yù)測(cè)細(xì)胞分化過(guò)程中單細(xì)胞的分化時(shí)間和路徑,通過(guò)在模擬數(shù)據(jù)集和文獻(xiàn)數(shù)據(jù)集中測(cè)試表明iCpSc的優(yōu)勢(shì)。為進(jìn)一步檢驗(yàn)這一方法的有效性,研究人員采用研究小鼠神經(jīng)分化的體外誘導(dǎo)模型,在非常密集的時(shí)間點(diǎn)中選取8個(gè)具有代表性的時(shí)間點(diǎn),產(chǎn)生單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和相應(yīng)的群體細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),利用iCpSc預(yù)測(cè)每個(gè)單細(xì)胞的分化時(shí)間和路徑。之后,運(yùn)用相關(guān)分析得到分化相關(guān)基因(“timer” genes),并發(fā)現(xiàn)ATCC細(xì)胞周期調(diào)控因子富集在其中。通過(guò)構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)找到協(xié)調(diào)細(xì)胞周期和神經(jīng)細(xì)胞分化的關(guān)鍵調(diào)控基因。Z后,通過(guò)對(duì)Fyn進(jìn)行CRISPR/Cas9基因敲除實(shí)驗(yàn)和小分子抑制劑實(shí)驗(yàn),驗(yàn)證Fyn和M期在控制神經(jīng)細(xì)胞分化時(shí)間中的作用。
Bismuth Subcarbonate (AS) 5892/10/4 1g 堿式碳酸鉍標(biāo)準(zhǔn)品
Boric Acid (AS) 10043-35-3 1g 硼酸標(biāo)準(zhǔn)品
Boswellia Serrata Extract 1g 乳香提取物標(biāo)準(zhǔn)品
Calcium Acetate (AS) 62-54-4 1g 醋酸鈣標(biāo)準(zhǔn)品
Calcium Carbonate (AS) 471-34-1 1g 碳酸鈣標(biāo)準(zhǔn)品
Calcium Chloride (AS) 10035-04-8 1g 氯化鈣標(biāo)準(zhǔn)品
Calcium Hydroxide (AS) 1305-62-0 1g 氫氧化鈣標(biāo)準(zhǔn)品
Calcium Lactate 63690-56-2 1g 乳酸鈣標(biāo)準(zhǔn)品
Calcium Levulinate (AS) 5743-49-7 1g 乙酰丙酸鈣標(biāo)準(zhǔn)品
Camphor 464-49-3 1g 樟腦標(biāo)準(zhǔn)品
Carisoprodol 78-44-4 1g 卡立普多標(biāo)準(zhǔn)品
ATCC細(xì)胞
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